La imagen digital se ha incorporado a la totalidad de equipos de microscopía óptica avanzada. Este tipo de imagen abre un amplio abanico de posibilidades a su manipulación para extraer la máxima información posible, tanto en el ámbito de investigación como en el asistencial, con el objetivo de obtener datos útiles y objetivos.

La extracción manual de parámetros implica un largo y tedioso tiempo de análisis y existe el sesgo debido a criterios subjetivos del investigador. Por esta razón, es necesario implicar en el análisis de imagen el uso de programas específicos que permitan identificar, aislar y analizar los elementos de interés de cada imagen para realizar su caracterización y, posteriormente, elaborar sistemas de automatización de análisis. En la actualidad existe una gran diversidad de programas profesionales que facilitan el tratamiento de imagen digital en el campo de la microscopía de fluorescencia y confocal, pero, a menudo, estos programas son costosos.

La aparición de software libre y abierto pone herramientas al alcance de todos. El software Fiji/Image J (Wayne Rasband, NIH, USA) es una herramienta cada vez más utilizada para el procesado y análisis de imágenes digitales obtenidas mediante la microscopía de fluorescencia y confocal. Gracias a esta tecnología se pueden conocer diferentes tipos de parámetros morfológicos y de cuantificación de fluorescencia, que utilizados correctamente posibilitan la obtención de información crucial para la interpretación de diferentes estudios científicos.

El propósito general de este curso online es familiarizar a los participantes en el uso básico del programa de procesado y de análisis de imágenes ImageJ/Fiji y proporcionar las estrategias necesarias para el procesamiento de imágenes de fluorescencia y confocal en sus investigaciones o ámbito de trabajo.

• Médicos/as.
• Farmacéuticos/as.
• Bioquímicos/as en ciencias de la salud.
• Biólogos/as en ciencias de la salud.
• Físicos/as en ciencias de la salud.
• Químicos/as en ciencias de la salud.
• Veterinarios/as.

• Mejorar la competencia de los profesionales y los investigadores en el campo del procesamiento y análisis de imágenes digitales obtenidas a partir de microscopios de fluorescencia y confocal. 

1. Introducción a la imagen digital y herramientas básicas del Image J/FIJI.
• Introducción a la imagen digital.
• Práctica. Herramientas básicas del ImageJ: Instalación del programa, actualizaciones, plugins, ajustes de luminosidad, calibración de imágenes, tablas de color, separación/fusión de canales, anotaciones y ROIs.
• Actividad práctica autodirigida.
2. Trabajar con series multidimensionales.
• Práctica. Trabajando con series de 3D y 4D: manipulación de stacks, tipos de proyecciones y visualización, rendering, videos, anotaciones, ajuste y corrección de niveles de intensidad y mosaico.
• Actividad práctica autodirigida.
• Hands on con imágenes ejemplo.
3. Tratamiento de la imagen digital.
• Tratamiento de imagen digital.
• Práctica. Filtros y segmentación: manipulación del histograma, operaciones aritméticas sobre una imagen y entre imágenes, filtros matriciales y detectores de bordes.
• Actividad práctica autodirigida.
4.  Cuantificación de fluorescencia y otras medidas.
• Estudios de cuantificación de fluorescencia y otro tipo de medidas.
• Práctica. Medidas y cuantificación de fluorescencia: histograma y segmentación, parámetros a cuantificar, medidas de intensidad en un área y un perfil, medidas múltiples, contador manual y analizador de partículas.
• Actividad práctica autodirigida.
• Hands on con imágenes ejemplo.

Esta actividad formativa se realiza a través de la plataforma online de Formación SJD, en la que como participante encontrarás todos los contenidos y actividades, así como las indicaciones para realizar y completar el curso de manera autónoma. Los materiales permanecerán abiertos desde el primer día hasta el último para que puedas acceder libremente.

En el aula virtual encontrarás un conjunto de elementos que te facilitarán la realización del curso. Estos son:

• Documentación de ayuda y soporte técnico para navegar sin dificultades por el campus o bien, resolver incidencias técnicas de forma ágil.
• Herramientas de comunicación (foros, chats, etc.) que te permitirán comunicarse con el resto de participantes y el tutor de la formación, trabajar conjuntamente e intercambiar experiencias y conocimientos relacionados con el curso.
• El material de estudio y actividades asociadas.
• Actividad o prueba de evaluación final.
• Encuesta de satisfacción y certificado.

En el curso de Introducción a Fiji/Image J para el análisis de imagen de fluorescencia se realizarán dos Hands-on en directo:

• 10 de octubre de 9:30 a 14:30 h. 
• 19 de octubre de 9:30 a 14:30 h.

Unas semanas antes del inicio del curso os solicitaremos vuestra preferencia en cuanto al horario de las dos sesiones y procuraremos establecer el orden por la recepción de la solicitud.